2023年1月，布基纳法索卫生部实验室发表了一篇文章“对自动化的翠鸟弹性纯化系统96（Thermofisher Scientific）和手动Qiaamp病毒RNA Mini套件（QIAGEN）提取方法的比较评估” 。.
这项研究探索了新的COVID-19检测系统的建立，使用雷恩斯的COVID-19萃取试剂盒，比较了两个核酸提取平台，Qiagen和翠鸟的效率，重点介绍了Qiagen和翠鸟的效率，重点介绍了CoVID-19感染的快速分子检测。作为病原体检测的重要临床方法，以确保对COVID-19感染患者的快速准确筛查和诊断。这项研究的结果表明，与Qiaamp病毒RNA Mini Kit（Qiagen）的手动提取方法相比，翠鸟柔性纯化系统的自动提取方法96（Thermofisher）不太敏感和特异性。
标题： 自动化的翠鸟柔性纯化系统的比较评估96（热泡科学）和手动Qiaamp病毒RNA Mini Kit（Qiagen）提取方法SARS-COV-2
杂志：“非洲临床与实验微生物学杂志”
单位：布基纳法索卫生部
出版：2023年1月
研究平台：召集新的冠状动脉提取套件
SARS-COV-2样品的核酸提取效率直接影响逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）测试结果的质量，从而导致诊断新冠状动脉肺炎的错误。这项横截面研究的目的是评估自动提取系统翠鸟柔性纯化系统96（热泡）的诊断性能，与Qiaamp病毒RNA Mini Kit（Qiagen）的手动提取方法相比。
从2020年10月到2020年12月，从布基纳法索（Burkina Faso）涉嫌进口病例或冠状病毒的患者接触中收集了标本，159例新鲜鼻咽标本和120个冷冻的鼻咽标本。 Rainure的FastPlextM三型旋转1-STEP COVID 19检测试剂盒（RT-PCR，无RNA提取）用于检测两种方法提取的产物，并在QuantStudio5热循环仪（Applied Biosystems）中完成PCR扩增。使用在线OpenEPI软件完成了两种方法RNA提取后SARS-COV-2 RT-PCR检测诊断性能的分析（图1）。
图1：新鲜（a）和冷冻（b）样品的分析步骤的流程图
FastPlexTM Triplex 1-Step COVID 19 Detection Kit (RT-PCR, RNA extraction free) is used to amplify KingFisher Flex Purification System 96 (ThermoFisher) and QIAamp Viral RNA Mini Kit (Qiagen) on the same PCR plate ) two RNAs obtained by two methods, the gene targets of the amplification kit include: ORF1ab (FAM fluorescent dye) and N (HEX荧光染料）和内部参考（CY5荧光染料）（表1）。
表1：RT-PCR结果表
对于新鲜样品，该研究发现，手动提取后的RT-PCR的正率略高于自动提取的速率（12.6％vs 9.4％）。对于冷冻样品，手动提取的正率远高于自动提取方法（38.33％vs 20.83％）。结果表明，对于新鲜样品（敏感性为35％，特异性94.2％）和冷冻样品（敏感性为43.5％，特异性93.2％），自动提取方法的有效性不如手动提取。但是，在麦克尼玛（McNemar）对YATE校正进行测试后，对于新鲜样品，两种提取方法之间的RT-PCR正率没有显着差异（x2 = 0.76，p = 0.38），而冷冻样品的差异显着差异（x2 = 12.9，p = 0.0003）。
研究发现，新鲜样品的手动提取的RT-PCR正率（12.6％，20/159）略高于自动提取的速率（9.4％，15/159）。手动提取和自动提取的七个样本（4.4％）均为阳性，而131个样本（82.4％）为阴性。与手动提取相比，自动提取的特异性为94.2％，敏感性为35.0％，新鲜样品的PPV为46.7％，NPV为90.9％，但是使用McNemar的Yates校正测试，两种新鲜样品的提取方法没有差异。显着差异（x2 = 0.76，p = 0.38）（表2a）。
表2a：自动和手动提取新鲜样品后RT-PCR结果的比较评估
对于冷冻样品，RT-PCR的正速率存在显着差异，其中手动提取方法为（38.33％，46/120），自动提取方法为（20.83％，25/120）（x2 = 12.9，p = 0.0003）。在手动和自动提取中，有20个样品（16.7％）为阳性，而69个样品为阴性（57.5％）。与手动提取相比，自动提取的特异性为93.24％，灵敏度为43.48％，PPV为80.0％，NPV为72.63％（表2B）。
表2B：自动和手动提取冷冻样品后RT-PCR结果的比较评估
对于新鲜样品，与Qiaamp病毒RNA迷你试剂盒（Qiagen）手动提取方法相比，自动提取系统翠鸟柔性纯化系统96（Thermofisher），ORF1AB和N基因的放大折叠分别为2.36和0.81倍，这是统计学上的显着差异。但是，两者之间在n基因的平均CT值中没有显着差异（p = 0.1319）。另外，平均CT值之间没有显着差异（p = 0.4939）（表3）。 内部参考基因的
表3：提取新鲜和冷冻样品后SARS-COV-2基因RT-PCR的平均CT值
与QIAAMP病毒RNA迷你试剂盒（Qiagen）的手动提取方法相比，自动提取系统翠鸟柔性纯化系统96（Thermofisher）在ORF1AB的平均CT值中没有显着差异（P = 0.09885）。同样，平均CT值之间也没有显着差异（p = 0.0594）。另外， 两个自动提取的n基因的平均CT值之间没有显着差异（p = 0.1045）（表3）。 内部参考基因的
这项研究的结果表明，自动提取系统翠鸟柔性纯化系统96（Thermofisher）比Qiaamp病毒RNA Mini Kit（Qiagen）手动提取方法不太敏感和特异。这些数据可以用作实验室的指导信息，以选择用于RT-PCR检测SARS-COV-2的RNA提取方法。
