数字PCR即Digital PCR（dPCR)，是继一代普通PCR、二代荧光定量PCR之后的第三代PCR技术，其原理是将一个样本分充分稀释，分配到不同的反应单元，每个单元包含少于或等于一个拷贝的目标分子( DNA 模板) ，在每个反应单元中进行单独、平行的PCR反应，扩增结束后对各个反应单元的荧光信号进行统计学分析，以实现绝对定量及稀有等位基因的检测。
与qPCR反应系统不同，数字PCR在扩增前需进行样本稀释，构建多个独立反应单元，每个单元内包含一个或不含目标DNA。这一步预处理目前主要实现方式包括：基于液滴微流控的微滴数字PCR(droplet digital PCR, ddPCR)和基于芯片式微流控的微阵列芯片式PCR。微滴式数字PCR（Droplet Digital PCR, ddPCR）技术是在进行传统的PCR扩增前对样品进行微滴化处理，即将含有核酸分子的反应体系分成成千上万个纳升级的微滴，每个微滴或不含待检基因，或者含有一个基因。经PCR扩增后，逐个对每个微滴进行检测，有荧光信号的微滴判读为1，没有荧光信号的微滴判读为0，根据泊松分布原理及阳性微滴的个数与比例即可得出待检基因的起始拷贝数或浓度。