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文献指南|Rainsure Scientific协助布基纳法索卫生部发表有关COVID-19的文章
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文献指南|Rainsure Scientific协助布基纳法索卫生部发表有关COVID-19的文章

浏览数量: 0     作者: 本站编辑     发布时间: 2023-01-19      来源: 本站

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文献指南|Rainsure Scientific协助布基纳法索卫生部发表有关COVID-19的文章

2023年1月,布基纳法索卫生部实验室发表文章《对 SARS-CoV-2 的自动化 KingFisher Flex Purification System 96 (ThermoFisher Scientific) 和手动 QIAamp Viral RNA Mini Kit (Qiagen) 提取方法进行比较评估“ 在 非洲临床和实验微生物学杂志.

本研究探索建立新型COVID-19检测系统,使用Rainsure的COVID-19免提取试剂盒比较Qiagen和Kingfisher两个核酸提取平台的效率,重点关注COVID-19感染的快速分子检测。并作为病原检测的重要临床方法,确保对Covid-19感染患者进行快速、准确的筛查和诊断。本研究结果表明,KingFisher Flex Purification System 96 (ThermoFisher) 的自动提取方法的灵敏度和特异性低于 QIAamp Viral RNA Mini Kit (Qiagen) 的手动提取方法。


标题: 对 SARS-CoV-2 的自动化 KingFisher Flex Purification System 96 (ThermoFisher Scientific) 和手动 QIAamp Viral RNA Mini Kit (Qiagen) 提取方法进行比较评估

杂志: ”非洲临床和实验微生物学杂志'

单位:布基纳法索卫生部

发布日期:2023 年 1 月

研究平台:Rainsure新型冠脉提取免费试剂盒

背景

SARS-CoV-2标本的核酸提取效率直接影响逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)检测结果的质量,导致新冠肺炎诊断的错误。本横断面研究的目的是评估自动提取系统 KingFisher Flex Purification System 96 (ThermoFisher) 与 QIAamp Viral RNA Mini Kit (Qiagen) 手动提取方法的诊断性能。

方法

2020年10月至2020年12月,从布基纳法索疑似输入性冠状病毒病例或患者接触者中采集标本,检测159份新鲜鼻咽拭子标本和120份冷冻鼻咽拭子标本。采用Rainsure的FastPlexTM Triplex 1-Step COVID 19检测试剂盒(RT-PCR,免RNA提取)对两种方法提取的产物进行检测,并在QuantStudio5热循环仪(Applied Biosystems)中完成PCR扩增。使用在线OpenEpi软件完成了两种方法提取RNA后SARS-CoV-2 RT-PCR检测诊断性能的分析(图1)。

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图 1:新鲜样品 (a) 和冷冻样品 (b) 的分析步骤流程图


FastPlexTM Triplex 1-Step COVID 19 检测试剂盒(RT-PCR,RNA 免提取)用于在同一 PCR 板上扩增 KingFisher Flex Purification System 96 (ThermoFisher) 和 QIAamp Viral RNA Mini Kit (Qiagen))通过两个方法获得的两种 RNA方法中,扩增试剂盒的基因靶点包括:ORF1ab(FAM荧光染料)和N(HEX荧光染料)和内参(CY5荧光染料)(表1)。


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表1:RT-PCR结果表


结果

对于新鲜样本,研究发现手动提取后RT-PCR的阳性率略高于自动提取(12.6% vs 9.4%)。对于冷冻样品,手动提取的阳性率远高于自动提取方法(38.33% vs 20.83%)。结果表明,对于新鲜样品(敏感性35%,特异性94.2%)和冷冻样品(敏感性43.5%,特异性93.2%),自动提取方法的效果不如手动提取。但经McNemar's检验并Yates校正后,对于新鲜样品,两种提取方法的RT-PCR阳性率无显着性差异(x2=0.76,p=0.38),而冷冻样品则有显着性差异(x2=12.9,p=0.0003)。

研究发现,手工提取新鲜样本的RT-PCR阳性率(12.6%,20/159)略高于自动提取的RT-PCR阳性率(9.4%,15/159)。7 个样本(4.4%)在手动和自动提取中均呈阳性,而 131 个样本(82.4%)呈阴性。与手动提取相比,自动提取的特异度为94.2%,敏感性为35.0%,新鲜样品的PPV为46.7%,NPV为90.9%,但使用带有Yates校正的McNemar检验,两者之间没有差异。新鲜样品的两种提取方法。显着差异(x2=0.76,p=0.38)(表2a)。

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表2a:自动和手动提取新鲜样品后RT-PCR结果的对比评估

对于冷冻样本,RT-PCR阳性率存在显着性差异,其中手动提取法为(38.33%,46/120),自动提取法为(20.83%,25/120)(x2 =12.9,p=0.0003)。手动和自动提取均有 20 个样本(16.7%)呈阳性,69 个样本呈阴性(57.5%)。与手动提取相比,自动提取的特异性为93.24%,敏感性为43.48%,PPV为80.0%,NPV为72.63%(表2b)。

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表2b:自动和手动提取冷冻样品后RT-PCR结果的对比评估

对于新鲜样本,自动提取系统KingFisher Flex Purification System 96(ThermoFisher)与QIAamp Viral RNA Mini Kit(Qiagen)手动提取方法相比,ORF1ab和N基因的扩增倍数分别为2.36和0.81倍,具有统计学意义显着差异。然而,两者的N基因平均Ct值没有显着差异(p=0.1319)。此外,平均 Ct 值之间没有显着差异。 内参基因的数量 (p=0.4939)(表 3)。

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表3:新鲜和冷冻样品提取后SARS-COV-2基因RT-PCR的平均Ct值

与QIAamp Viral RNA Mini Kit(Qiagen)的手动提取方法相比,自动提取系统KingFisher Flex Purification System 96(ThermoFisher)的ORF1ab平均Ct值没有显着差异(p=0.09885)。同样,平均 Ct 值之间没有显着差异 两者之间自动提取的 N 基因的数量 (p=0.0594)。此外,平均 Ct 值之间没有显着差异。 内参基因的数量 (p=0.1045)(表 3)。

结论

本研究结果表明,自动提取系统 KingFisher Flex Purification System 96 (ThermoFisher) 的灵敏度和特异性低于 QIAamp Viral RNA Mini Kit (Qiagen) 手动提取方法。这些数据可以作为实验室选择用于RT-PCR检测SARS-CoV-2的RNA提取方法的指导信息。


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